猪瘟病毒SXYL2006株全基因组序列特征分析

• 作者: 吴旭锦 朱小甫
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 猪瘟病毒 全基因组 序列分析 SXYL2006
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 畜牧兽医?水产养殖
• 页码范围: 133-141
• 页数: 9页
• 分类号: S855.3
• 字数: 5338字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2016.01.021

摘要

为了对分离到的猪瘟流行毒株SXYL2006进行全基因组序列克隆分析，揭示其遗传变异特征，为猪瘟分子流行病学研究提供素材，为猪瘟防控提供理论参考，根据GenBank上发表的古典猪瘟Shimen毒株及HCLV株全基因序列，参考有关文献合成了12对引物，应用RT?PCR技术，从陕西省猪瘟流行毒株SXYL2006中成功扩增出了11段cDNA，测序后拼接得到全长12295 bp全基因序列，提交GenBank获得登录号GQ122383。将SXYL2006与参考毒株进行比较，结果表明 SXYL2006与毒株39、ALD、Alfort187、Brescia、CAP、Glentorf、GPE、GXWZ02、HCLV、LPC、Paderborn、Riems和Shimen核苷酸序列同源性分别为88?2％、85?5％、85?4％、85?0％、85?1％、85?0％、85?2％、95?6％、84?4％、83?8％、94?8％、84?7％和85?1％，氨基酸序列同源性分别为94?2％、92?9％、92?9％、92?9％、92?1％、92?0％、92?5％、97?4％、91?6％、90?6％、97?5％、92?0％和92?5％。系统发生树分析结果表明SXYL2006与GXWZ02在进化上距离最近，亲缘关系最为密切，两者与德国流行毒株Paderborn同处于基因Ⅱ群。与HCLV株相比，SX?YL2006株E0蛋白中，具有Rnase活性的2个主要氨基酸序列没有发生任何变异；在E2蛋白中，与免疫逃逸相关的5个位点有3个发生变异；已发现的26个T细胞表位中，有14个表位27个氨基酸位点变异。 SXYL2006在遗传特性和抗原性上与经典强毒株Shimen、疫苗毒株HCLV差异较大。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴旭锦	咸阳职业技术学院畜牧兽医研究所动物疫病分子生物学诊断实验室	77	171	6.0	10.0
2	朱小甫	咸阳职业技术学院畜牧兽医研究所动物疫病分子生物学诊断实验室	60	121	5.0	8.0