兰州鲇 MyoD 基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 俞兆曦 吴旭东 张锋 李力 杨忠礼 肖伟 赛清云 连总强
• 来源期刊: 淡水渔业
• 学科: 农学
• 关键词: 兰州鲇(Silurus lanzhouensis) MyoD 基因克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 10-15
• 页数: 6页
• 分类号: S917.43
• 字数: 4482字
• 语种: 中文

摘要

为研究兰州鲇（Silurus lanzhouensis）生长性状相关基因，运用 RT－PCR 、 TA 克隆和核酸测序等技术对兰州鲇 MyoD 基因的 CDS 区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇 MyoD 基因的完整 CDS 区序列810 bp （GenBank 登录号： KT277551）及 MyoD 基因全序列1210 bp（GenBank 登录号： KT339175），包括部分5′端63 bp和3′端58 bp； ORF 区含有3个外显子和2个内含子，外显子长度分别为510 bp、80 bp 和220 bp，内含子长度分别为156 bp 和123 bp，编码269个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质；预测亚细胞定位 MyoD 主要分布于细胞核（56.5％）， MyoD 二聚体结构是一个螺旋－环－螺旋（bHLH）。基于12种鱼类 MyoD 基因 CDS 序列构建系统发育树及编码区同源性比较，分析结果表明， MyoD 基因编码区在进化过程中比较保守，且兰州鲇 MyoD 与斑点叉尾、白鲶鱼、蓝鲶鱼之间存在较高的同源性。