白鹭MHCⅡDABⅠ基因第二外显子的多态性与进化

• 作者: 李力 林清贤 罗斯特 陈小麟
• 来源期刊: 厦门大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 白鹭 主要组织相容性复合体(MHC) 遗传变异 进化 系统关系 种群结构
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 页码范围: 30-36
• 页数: 7页
• 分类号: Q958|Q953
• 字数: 4571字
• 语种: 中文
• DOI: 10.6043/j.issn.0438-0479.2016.01.007

摘要

克隆测序白鹭(Egretta garzetta)5个种群138份个体组织样本的主要组织相容性复合体Ⅱ类B基因(MHCⅡDABⅠ)第二外显子(exon2)序列,分析探讨exon2的多态性、进化选择、系统关系和种群遗传结构.主要结果如下:白鹭MHCⅡDABⅠ exon2序列长度为270 bp,共计定义了139个等位基因;序列分析显示exon2有101个核苷酸变异位点(37.4％)和31个氨基酸变异位点(34.4％);基于贝叶斯法构建的系统树显示白鹭MHCⅡDABⅠ exon2有5个高支持率的谱系;肽结合位点(PBR)、非肽结合位点(non-PBR)的非同义替换率(dN)和同义替换率(dS)比值计算显示,PBR的dN/dS为1.99(p＜0.05),而non-PBR的dN/ds则略小于1(p＞0.05),表明白鹭MHCⅡDABⅠ exon2受到正选择作用;根据等位基因在群体中的分布频率作分子方差分析(AMOVA),得到群体间分化指数(FST)为0.194 1(p＜0.000 1),提示白鹭MHCⅡDABⅠ exon2存在显著的种群遗传结构分化.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈小麟	厦门大学生命科学学院	53	684	17.0	22.0
5	林清贤	厦门大学生命科学学院	22	271	11.0	16.0
9	李力	厦门大学生命科学学院	18	81	6.0	8.0
10	罗斯特	厦门大学生命科学学院	3	4	2.0	2.0