云南地方稻种抗稻瘟病基因 Pi-d3序列变异分析

• 作者: 孙一丁 杨奕 王炎炎 许明辉 马继琼
• 来源期刊: 中国水稻科学
• 学科: 农学
• 关键词: 云南地方稻种 稻瘟病 Pi-d3 基因 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 17-26
• 页数: 10页
• 分类号: Q756|S435.111.4+1
• 字数: 5551字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16819/j.1001-7216.2016.5092

摘要

对来自云南的80份地方稻种抗稻瘟病基因 Pi-d3编码区序列进行了 PCR 扩增并测序分析.结果表明,与地谷相比,80份云南地方稻种的 Pi-d3编码区序列(全长2775 bp)存在39个变异位点,平均变异率为1．41％.所有材料可以归为37种单倍型,频率较高的单倍型是 H8(28．8％)、H4(11．3％)、H23(5．0％),其他单倍型频率较低,显示了云南地方稻种 Pi-d3基因变异丰富,单倍型类型多,但频率较低.37种单倍型中存在28个氨基酸差异位点,共编码33种蛋白,其中18种单倍型共计32份材料(包括12份籼稻品种)出现了假基因,假基因化的频率较高,可能是粳稻 Pi-d3假基因化向籼稻渗透.除已发现的737位氨基酸假基因位点外,新发现32和467两个假基因位点.Pi-d3基因在籼稻、粳稻亚种,水稻、陆稻,黏稻、糯稻的单倍型类型及频率两方面均存在差异,表明亚种间或生态型间发生了一定的遗传分化.37种单倍型在云南的地理分布呈大分散、小聚居的特点,普洱、版纳、临沧的单倍型种类最丰富,并以之为中心向外扩展,单倍型种类随之减少.