‘芙蓉李’转录组SSR信息分析与分子标记开发

• 作者: 叶新福 周丹蓉 姜翠翠 方智振 潘少霖
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 李 SSR 转录组
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 416-424
• 页数: 9页
• 分类号: S662.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20150456

摘要

[目的]明确‘芙蓉李’转录组SSR总体特征,开发SSR引物,为李种质资源多样性分析和品种鉴定等奠定基础.[方法]采用MISA分析‘芙蓉李’转录组SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择40对引物对8个李品种进行多态性分析.[结果]在‘芙蓉李’转录组中,共检测到7 601个SSR位点,分布于5 434条Unigene,SSR位点出现频率为54.51％(SSR位点数7 601与大于1 kb的Unigene数13 944的比值).其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的42.19％.其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的37.72％和18.48％.A/T和AG/CT是单核苷酸和二核苷酸的优势重复基元.对7 601个SSR位点设计出4 235对SSR引物.随机选择40对引物进行PCR扩增,其中17对在8个李品种中表现出多态性.[结论]李转录组数据是开发SSR标记的有效来源,开发的SSR标记可为李种质资源遗传多样性分析等提供了丰富的候选标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	潘少霖		58	248	9.0	13.0
2	方智振		33	125	5.0	10.0
3	周丹蓉		45	232	9.0	13.0
4	姜翠翠		51	220	8.0	12.0
5	叶新福		119	505	11.0	17.0