香榧转录组测序及生物信息学基础分析

• 作者: 包燕春 易官美
• 来源期刊: 山东农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 香榧 转录组 高通量测序 SSR
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 页码范围: 19-24
• 页数: 6页
• 分类号: Q37|S791.53
• 字数: 4915字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2324.2016.01.004

摘要

香榧具有重要的经济价值，但其基因组信息相对匮乏，限制了其分子生物学和基因功能的研究。本文以不同组织的香榧作为研究对象，采用新一代高通量测序技术平台Illumina HiSeq?2000对香榧转录组进行测序和数据分析，共得到37,349,086个reads片段，总碱基数为4.35 G。利用组装软件，对获得的高质量序列进行组装，共得到104,636个Unigene，平均长度为784 nt，N50为1,702。将Unigene序列与公共数据库进行比对，28,766个Unigenes获得了注释。其中26,856个Unigene在NR蛋白数据库中获得注释，24,003个Unigenes在NT数据库中获得注释，21,401个Unigene在Swiss-Prot蛋白数据库中获得注释，16,137个Unigene在COG数据库中获得注释，11,410个Unigene在GO数据库中获得注释。根据KEGG注释信息，18,564个Unigene被划分到256个代谢途径中。SSR位点搜索发现，在4,217个Unigene中含有4,706个SSR位点。分析所获得的转录组数据，将为香榧功能基因的克隆，基因的表达，指纹图谱构建和分子标记辅助选育奠定基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	易官美		15	106	7.0	9.0
2	包燕春		3	7	1.0	2.0