甜瓜蔗糖转化酶基因的密码子偏好性分析

• 作者: 张立虎 李冠 李思怡 赵莉
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 农学
• 关键词: 甜瓜 蔗糖转化酶 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 71-77
• 页数: 7页
• 分类号: S652|Q343.1+2
• 字数: 3282字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2016.02.02

摘要

以甜瓜蔗糖转化酶基因序列为材料,研究甜瓜蔗糖转化酶基因密码子偏好性,为改良甜瓜风味与品质提供理论依据.运用在线分析软件CodonW对甜瓜蔗糖转化酶的编码序列(Coding sequence,CDS)进行密码子分析,利用Mobyle在线工具分析同义密码子相对使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)、GC及GC1s、GC2s、G C3s含量.甜瓜蔗糖转化酶基因偏好于以A或T结尾的密码子.密码子ATT、GTT和AGA的RSCU值都大于1,属于共同偏好使用的密码子,而密码子GCG、CGG的RSCU值小于1,属于使用频率较低的密码子.发现密码子偏好性与亲缘关系的远近有一定的关系.要实现目的基因在外源表达系统中的成功表达和提高其表达量,可通过增加目的基因剂量,目的基因密码子优化,改善培养条件等方法实现,其中目的基因密码子优化起到了关键作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李冠	新疆大学生命科学与技术学院	125	1244	20.0	27.0
2	赵莉	新疆大学生命科学与技术学院	15	18	2.0	4.0
3	李思怡	新疆大学生命科学与技术学院	3	5	2.0	2.0
4	张立虎	新疆大学生命科学与技术学院	2	10	2.0	2.0