利用GoldenGate分析的高通量SNP芯片对鲤基因进行分型

• 作者: 匡友谊 孙效文 张晓峰 李超 郑先虎 鲁翠云
• 来源期刊: 水产学杂志
• 学科: 农学
• 关键词: 单核苷酸多态(SNP) 鲤 遗传多样性 GoldenGate分析 高通量
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 19-25
• 页数: 7页
• 分类号: S917
• 字数: 4722字
• 语种: 中文

摘要

单核苷酸多态性(SNPs)标记在大多数物种基因组中数量巨大且分布均匀,是许多水产物种遗传研究的理想标记,因此快速发展了几种高通量、快速的SNP标记分型平台.本研究利用GoldenGate分析技术对鲤Cyprinus carpio转录组测序的1 536个SNP标记合成了一张中等密度SNP芯片,对5个鲤群体的480份样本进行基因分型.结果表明:1 235个SNP标记成功分型,约占80％;915个标记至少在一个家系中呈现多态性,占74.1％;标记最小等位基因频率(MAF)介于0.05～0.5之间,平均为0.334,其中48.9％的标记最小等位基因频率(MAF)大于平均值;5个群体中SNP标记平均多态性信息含量(PIC)在0.3左右,为中度多态,杂合度为0.010～0.990,平均为0.5左右,暗示群体具有丰富的遗传多态性,育种价值及性状改良潜力很大.本研究分型的多态性SNP标记可广泛应用于遗传多样性研究、标记-性状关联分析以及分子标记辅助育种.