鮰爱德华菌外膜蛋白OmpLC基因的生物信息学分析

• 作者: 刘港彪 王利 黄艳青
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 农学
• 关键词: 鮰爱德华菌 外膜蛋白 结构预测 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 61-70
• 页数: 10页
• 分类号: S968.25
• 字数: 5183字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2016.02.01

摘要

采用PCR方法从鮰爱德华菌基因组中扩增出外膜蛋白OmpLC基因,利用生物信息学相关软件和网络数据库,预测该基因编码产物的基本理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜性、二级结构、结构域及基序、以及三级结构,同时构建OmpLC同源基因的系统发育进化树.结果表明:该蛋白由360个氨基酸组成,分子量为39.407 kD,理论等电点为4.98,不稳定系数为18.26,是一种稳定的强亲水性蛋白,有信号肽,成熟蛋白无跨膜螺区.其二级结构中α螺旋、β折叠和无规则卷曲分别占6.67％、45.28％和48.06％,其空间结构为β桶状,属于OM_channels supedamily的gram_neg_porins成员.蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,该蛋白序列与OmpLC蛋白(AEQ59632、AEQ59639)具有高度同源性,且在系统发育树上与二者聚为一簇.鮰爱德华菌OmpLC的生物信息学分析不仅为进一步探索该蛋白的功能提供参考资料,也为研究鮰爱德华菌的感染和致病机理,研制相关疫苗提供理论依据.