动态规划算法对 GenoCAD 设计结果的优化

• 作者: 方刚
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 生物学
• 关键词: 合成生物学 统计语言模型 动态规划算法 生物学“零件” GenoCAD
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 研究快报
• 页码范围: 173-180
• 页数: 8页
• 分类号: Q291
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2016.03.08

摘要

GenoCAD（ www．genocad．com）是一种基于Web的免费合成生物学设计软件，用它可以进行表达载体及人工基因网络设计。持续点击代表各种合成生物学标准“零件”的图标，以一种语法进行设计，最后就可以得到由数十个功能片段组成的复杂质粒载体。但是在GenoCAD中，每一类的合成生物学标准“零件”数量众多。随着这些标准“零件”的不断开发，其数量也在进一步增加，目前选择合适的“零件”组装成功能性的质粒载体费时费力并且容易发生错误。在进行载体设计的最后阶段，从众多的“零件”中选择合适的往往比较困难。为解决这一问题，本文采用了自然语言处理的统计语言模型，它最初用于自然语言识别，用来估算一组词串成为一个正确语句的概率的大小。本文最后以该模型为基础应用动态规划算法优化质粒载体设计，从众多的选项中找出最优者。利用这一方法可以减少进行生物学实验的冗余操作，从而减少载体构建过程中的花费。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	方刚	西安文理学院生物与环境工程学院	9	2	1.0	1.0