白姜转录组中的SSR位点信息分析

• 作者: 刘奕清 姜玉松 邹勇 黄科
• 来源期刊: 作物杂志
• 关键词: 生姜 转录组 SSR 位点信息
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 简报
• 页码范围: 171-174
• 语种: 中文
• DOI: 10.16035/j.issn.1001-7283.2016.03.032

摘要

利用Trinity软件对白姜转录组进行de novo组装,CAP3软件对组装的contig拼接删选;MISA工具对unigene进行SSR检索.从153 724条unigene中共发现16 593个SSR,分布在14 436条unigene序列中,出现频率为9.39％,平均每9.26kb含有1个SSR位点.其中二核苷酸、三核苷酸所占比例最大,分别为37.59％和45.24％;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,占22.47％和11.79％.基序长度主要分布于12～20bp,占总数的85.06％.研究结果表明,白姜SSR位点频率、密度较高,类型多样,在生姜分子标记辅助育种、遗传多样性研究中有较大应用潜能.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘奕清	重庆文理学院特色植物研究院	59	435	12.0	17.0
3	邹勇	重庆文理学院特色植物研究院	6	10	2.0	3.0
7	黄科	重庆文理学院特色植物研究院	8	42	4.0	6.0
11	姜玉松	重庆文理学院特色植物研究院	13	20	3.0	4.0