冬凌草转录组SSR位点分析及多态性初步评价

• 作者: 尹雷 李庆磊 杨晶凡 苏秀红 董诚明 陈随清
• 来源期刊: 北方园艺
• 学科: 农学
• 关键词: 冬凌草 转录组 SSR
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 93-96
• 分类号: S567.23+9
• 语种: 中文
• DOI: 10.11937/bfyy.201604025

摘要

以冬凌草转录组为研究对象,使用Microsatellite(MISA)软件进行SSR搜索,分析冬凌草中SSR位点信息,并利用Primer 3设计SSR引物,对其多态性进行初步评价.结果表明:研究共发现11 114个SSR,分布于8 873条独立基因(Unigenes)中,SSR位点出现频率为24.90％,共有55种重复基元,平均每3 517 bp含1个SSR位点.SSR位点所包含的重复类型中,二核苷酸重复是主要类型,占总SSR的47.71％;其次是单碱基重复类型(35.46％).SSR所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T和二核苷酸重复基元AG/CT是优势重复基元,分别占总SSR的34.95％、30.16％.多态性进行评价结果表明冬凌草转录组SSR类型丰富,多态性潜能高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈随清	河南中医药大学药学院	204	1068	16.0	21.0
2	董诚明	河南中医药大学药学院	140	944	15.0	24.0
3	苏秀红	河南中医药大学药学院	29	186	8.0	11.0
4	李庆磊	河南中医药大学药学院	23	44	4.0	5.0
5	杨晶凡	河南中医药大学药学院	26	98	5.0	8.0
6	尹雷	河南中医药大学药学院	1	6	1.0	1.0