基于单拷贝SNP标记的棉花杂交种纯度高通量检测技术

• 作者: 匡猛 周大云 徐双娇 方丹 杨伟华 王延琴 马峙英 马磊 魏守军
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: 棉花 杂交种 SNP 高通量 纯度
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 227-233
• 页数: 7页
• 分类号: S562.03
• 字数: 4688字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11963/issn.1002-7807.201603005

摘要

利用有代表性的材料进行SNP位点的全基因组扫描分析与综合评估,基于KASP技术开发1套适用于我国棉花杂交种纯度高通量检测的核心SNP组合.从63K的棉花全基因组芯片中筛选获得具有单拷贝特性的SNP标记分别为5474个(中棉所TM-1基因组版本)和1850个(南京农大TM-1基因组版本).根据芯片扫描分析结果,权衡考虑位点多态性、分型效果、纯合率与杂合率等因素,最终从每条染色体上优选1个杂交种杂合率高且分型效果理想的核心SNP位点,合计26个.采用KrakenTM软件将SNP位点转化成KASP标记,利用SNPline平台进行SNP分型检测,实现了对大量样品的高通量基因分型,尤其适用于品种纯度快速检测,为SNP标记技术在棉花品种鉴定及指纹数据库构建等方面的应用奠定基础.