海带3个着丝粒蛋白编码序列的克隆及特征分析

• 作者: 周志刚 徐梅
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 海带 CENH3 动粒蛋白 基因克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 页码范围: 1028-1038
• 分类号: Q785|S968.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20151010104

摘要

本研究根据海带基因组及糖海带转录组数据库中获得的编码着丝粒相关蛋白CENH3、Nuf2和Ndc80的contig序列设计特异性引物,利用PCR技术自海带中克隆得到它们的开放阅读框(ORF)序列,分别命名为SjCENH3、SjNuf2和SjNdc80,大小分别为432、1 365和2172 bp,相应地编码由143、454和723个氨基酸组成的蛋白.同源序列比对表明,SjCENH3由氨基端尾巴和羧基端的组蛋白折叠域组成,后者包括4个α螺旋(αN、α1、α2和α3)和2个环(Loop1和Loop2);但与组蛋白H3相比,SjCENH3的氨基端略长且序列不相似,同时组蛋白折叠域的α1、α2螺旋及Loop1序列更多变;SjNuf2主要的结构域有Nuf2 domain、Spc7和SPT2;SjNdc80主要的结构域除了具有与SjNuf2相似的SPT2和Spc7结构域以外,还有Ndc80_Hec、FoP_duplication和Kin 17_mid.基于海带和其他物种的CENH3、H3、Nuf2和NCD80蛋白序列所构建的Neighbor-Joining系统进化树显示,SjCENH3和SjH3分别被显著地聚类在CENH3和H3两支中,H3在物种间是高度保守的,而CENH3在物种间的差异相对较大;来自不同生物的Nuf2和NCD80均可显著地分为被子植物和藻类2支,它们可能存在着共同演化的关系.本研究首次报道了海带着丝粒蛋白SjCENH3、SjNuf2和SjNCD80编码序列的特征,为制备特异抗体通过免疫荧光技术来定位海带染色体着丝粒的具体位置,通过染色质免疫共沉淀获得海带染色体着丝粒DNA序列及进行染色体核型分析打下了良好的基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐梅	上海海洋大学水产与生命学院	1	0	0.0	0.0
2	周志刚	上海海洋大学水产与生命学院	25	123	5.0	10.0