大白菜InDels标记开发及其在剩余杂合体鉴定中的应用

• 作者: 刘栓桃 刘贤娴 刘辰 张志刚 徐文玲 李巧云 王晓 王淑芬 赵智中
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大白菜 重测序 全基因组 InDels标记 剩余杂合体(RHL)
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 510-518
• 分类号: S634.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2016.04.005

摘要

大白菜(Brassica rapa ssp.pekinensis)参考基因组序列的公布及测序成本的降低为大规模开发插入/缺失(Insertion/Deletion,InDel)标记提供了可能.本研究以性状差异明显的大白菜自交系He102与06-247为亲本,开展了全基因组重测序、标记开发和验证工作.二者测序深度分别为10×和8×,经筛选共获得330 218个InDels差异位点,出现频率为1.2个/kb,其中有11 238个差异位点位于编码区,包括5 184个差异基因,每个基因平均包含2.2个差异位点.分别以He102与06-247测序数据中筛选出的多态性InDels位点为参照,从10条染色体上随机选择933个位点进行了PCR扩增及电泳检测验证.结果表明,测序深度对假阳性率有直接影响,以测序较深的材料中筛选到的差异位点为参照,其验证结果的假阳性率亦较高,反之则较低.本研究中以He102与06-247为参照选择InDels位点验证的平均假阳性率分别是51.9％和22.5％.从933个位点中共筛选出593个在亲本之间实际表现为多态性的位点,这些差异位点中有375个位于编码区,是潜在的功能性标记.利用上述差异位点,检测了He102与06-247衍生的F7代重组自交系群体,明确了F7代各株系在593个位点的纯/杂合状态,为利用剩余杂合株系精细解析和精准定位大白菜耐抽薹、抗病毒、抗干烧心等重要农艺性状奠定了基础.