文蛤HDAC1基因克隆、时空表达及生长相关SNP位点筛查

• 作者: 姚韩韩 林志华 董迎辉 高晓艳
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 文蛤 组蛋白去乙酰化酶1 cDNA 荧光定量 SNP
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 页码范围: 601-608
• 页数: 8页
• 分类号: Q785|S968.3
• 字数: 4537字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7541/2016.81

摘要

为探索HDAC1基因在文蛤生长发育中的作用,研究通过已构建的文蛤转录组文库,利用SMART RACE技术扩增得到文蛤HDACl (Mm-HDACl)基因的cDNA全长序列,分析了其生物信息学、组织及发育阶段表达特征,并用直接测序法在外显子中筛查生长相关的SNP位点.结果显示,Mm-HDAC1基因的cDNA全长3065 bp,开放阅读框1599 bp,编码532个氨基酸;氨基酸序列比对发现,文蛤与其他物种同源性为74.3％-78.7％.荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明,Mm-HDAC1基因在文蛤6个组织中均有表达,其中外套膜中的表达量相对最高,并与其他组织间有极显著差异(P＜0.01);不同发育时期的表达差异结果表明,MmHDAC1基因在壳顶幼虫期表达量最高,显著高于其他发育时期p＜0.05).SNP位点筛查结果表明,在MmHDAC1基因的外显子区域发现了19个SNP位点,其中有3个SNP位点(627A＞T、924T＞C和1266T＞C)与文蛤生长相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	林志华	浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室	66	512	13.0	17.0
2	董迎辉	浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室	39	373	12.0	16.0
3	姚韩韩	浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室	22	170	9.0	12.0
4	高晓艳	浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室	1	7	1.0	1.0