在基于16S rRNA 基因的分类系统中α-变形菌被定为变形菌门的一个纲。本文根据系统发育基因组学分析,首次发现并鉴定了α-变形菌纲普遍存在的5个保守特征性插入缺失(CSIs)。23S rRNA 基因具有1个98~105 nt 的特征性缺失和1个5~7 nt 的特征性插入,DNA 复制解旋酶(DnaB)具有1个17~29 aa 的特征性插入,精氨酰-tRNA 合成酶(ArgRS)具有1个15 aa 的特征性插入,DNA 促旋酶 A 亚基(GyrA)具有1个27~63 aa 的特征性插入。α-变形菌纲的这些 CSIs 使得该纲与包括变形菌门其他纲在内的其他细菌显著区分开来,为该群细菌系统发育及系统分类研究提供了可靠手段。