快速高效miRNA分析流程在黄颡鱼中的应用

• 作者: 卢建国 张晓峰 栾培贤 王乐 王平平 王秋实
• 来源期刊: 水产学杂志
• 学科: 农学
• 关键词: miRNA 高通量测序 miRNA识别方法 黄颡鱼
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 27-31
• 页数: 5页
• 分类号: S917
• 字数: 3603字
• 语种: 中文

摘要

高通量测序技术速度快、成本低、通量高,广泛应用于miRNA领域研究.本研究基于高通量测序技术所产生的海量小RNA数据,结合已有的数据分析软件,开发了一套快速高效一键化的miRNA分析流程.该流程整合多个生物信息学数据分析软件,对多个miRNA高通量测序数据集进行标记、整合和去冗余分析,只需运行一次核心程序就可以实现对多个miRNA高通量测序数据的分析,避免每个样本单独数据分析的技术重复,精简后的数据集能大幅度减少软件计算量,显著提高软件运行效率.本研究利用快速高效miRNA分析流程分析黄颡鱼性腺XX卵巢、XY精巢、YY精巢的miRNA高通量测序数据,获得一批准确的黄颡鱼保守miRNA.在相同参数设置下,miRNA分析流程可以显著节约分析时间.该流程最终输出结果为多样本整合后的miRNA表达数据,便于研究者直接进行样本之间的比较和miRNA的表达差异,减少研究者手动整合分析结果的操作步骤.miRNA分析流程针对多样本miRNA测序数据具有明显的优势,样本越多测序量越大,软件运行效率越高.针对日益积累的海量小RNA测序数据,miRNA分析流程高效快速一键化数据处理优势将会越来越明显.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张晓峰	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	18	204	7.0	14.0
2	王平平	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	4	11	2.0	3.0
3	卢建国	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	4	6	2.0	2.0
4	王乐	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	4	4	2.0	2.0
5	栾培贤	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	6	56	2.0	6.0
6	王秋实	中国水产科学研究院黑龙江水产研究所	13	23	3.0	4.0