甘草microRNA及其靶基因的生物信息学预测

• 作者: 付晨熙 周宜君 张彤 李华云 王宁 韦春香 高飞
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 甘草 miRNA 靶基因 生物信息学 转录组
• 年，卷（期）: 2016,（14）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 2506-2514
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2016.14.020

摘要

目的 利用生物信息学手段预测甘草Glycyrrhiza uralensis的microRNA (miRNA),并实验验证其存在,确定相应的靶基因,为理解甘草miRNA的生物学功能奠定基础.方法 下载公共核酸数据库中的甘草高通量测序序列和表达序列、标签序列,使用Trinity和Assembler等软件拼接以获得转录本数据.基于miRNA前体序列在植物物种间的保守性,将miRBase数据库中的已知植物miRNA前体与甘草转录组序列进行Blast比对,按照miRNA前体应具备的标准进行筛选.通过stem-loop qRT-PCR实验验证miRNA.使用psRNATarget软件进行miRNA的靶基因预测,并对靶基因进行功能分析.结果 序列拼接获得88 263条甘草转录组数据.使用这些数据预测到分属于17个家族的49个miRNA序列,以及相应的30个茎环结构前体,随机选取其中12个,经实验验证,确实存在.这些miRNA靶向的172个基因主要参与基因转录调控、信号转导、发育调控和防御反应等生物学过程.结论 新预测的甘草miRNA及其靶基因为进一步研究miRNA在甘草中的生物学功能奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周宜君	中央民族大学生命与环境科学学院	126	1498	20.0	33.0
2	高飞	中央民族大学生命与环境科学学院	42	203	8.0	12.0
3	付晨熙	中央民族大学生命与环境科学学院	4	12	2.0	3.0
4	李华云	中央民族大学生命与环境科学学院	5	19	3.0	4.0
5	王宁	中央民族大学生命与环境科学学院	9	22	3.0	4.0
6	韦春香	中央民族大学生命与环境科学学院	3	10	2.0	3.0
7	张彤	中央民族大学生命与环境科学学院	1	6	1.0	1.0