白芨内生细菌组成及多样性分析

• 作者: 任禛 余磊 刘佳妮 张永福 徐胜光 李冰 王定康 陈泽斌 靳松
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 高通量测序 白芨 内生细菌 多样性
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 植物保护·农业气象
• 页码范围: 227-233
• 页数: 7页
• 分类号: Q939.5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.02.227

摘要

[目的]调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据.[方法]应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种丰度及分布的差异.[结果]获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和.白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属(Sph ingomonas,3226％)、地杆菌属(Pecobacter,16.13％)、盐单胞菌属(Halomonas,16.13％)、土壤杆菌属(Agrobacterium,12.90％)、Kaistobactc届(6.45％)、希瓦氏菌属(Shcwanclla,6.45％)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.45％)和短波单胞菌属(Brevundimonas,3.23％)8个属.[结论]鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群.Illumina MiSeq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李冰	中国科学院昆明动物研究所	67	409	12.0	16.0
2	王定康	昆明学院生命科学与技术系	47	216	8.0	12.0
3	余磊	昆明学院农学院	18	117	6.0	10.0
4	陈泽斌	昆明学院农学院	57	191	7.0	10.0
6	张永福	昆明学院农学院	47	119	6.0	8.0
7	徐胜光	昆明学院农学院	19	98	6.0	9.0
8	任禛	昆明学院农学院	26	74	5.0	7.0
9	靳松	昆明学院农学院	29	96	6.0	8.0
12	刘佳妮	昆明学院农学院	14	56	5.0	6.0