绵羊BMPR-IB基因密码子使用偏好和适应性进化分析

• 作者: 刘爱菊 李捷鑫 田树军 郝永兰
• 来源期刊: 河北农业大学学报
• 关键词: 绵羊 BMPR-IB 密码子偏好 适应性
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 页码范围: 92-98,108
• 页数: 8页
• 分类号: S814.6
• 语种: 中文
• DOI: 10.13320/j.cnki.jauh.2016.0114

摘要

探讨BMPR-IB编码特点可为提高外源基因在受体物种中稳定、高效表达提供重要依据.本研究运用CHIPS、CUPS和CodonW分析绵羊BMPR-IB基因序列,与不同物种BMPR-IB、模式生物基因组及其他多胎主效基因比较,构建进化树后,利用PAML分析BMPR-IB对环境的适应性.结果表明:绵羊BMPR-IB基因与多胎性状相关的主效基因及除人类、倭黑猩猩和家犬外的不同物种CDS序列中大部分偏好使用G/C结尾密码子,对17种密码子具有偏好性,偏好性较强的密码子为GTG(2.02);绵羊多胎性状相关的BMP-15、GDF-9主效基因,对27种密码子具有偏好性,使用频率最高的为TGT(2.79).密码子偏好性的聚类结果类似于进化结果,且不同物种的BMPR-IB基因中性选择的作用比例较高;绵羊与3种模式生物基因组密码子使用频率比较发现,小鼠基因组优于酵母和大肠杆菌.本研究结果为今后进一步开展绵羊新基因的发现、功能基因表达调控研究等提供了理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	田树军	河北农业大学动物科技学院	83	798	16.0	24.0
5	郝永兰	河北农业大学动物科技学院	5	14	3.0	3.0
6	刘爱菊	河北农业大学动物科技学院	6	11	2.0	3.0
7	李捷鑫	河北农业大学动物科技学院	4	5	2.0	2.0