基于三类特征融合的O-糖基化位点预测

• 作者: 向妍 袁哲明 谭泗桥 陈渊
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 关键词: O-糖基化位点预测 卡方差表特征 伪氨基酸序列进化信息 无方向的k间隔氨基酸对组分 加权投票
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 691-698
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.16476/j.pibb.2016.0002

摘要

糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征x2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息PsePSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62％、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.x2-pos、PsePSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	袁哲明		71	724	15.0	24.0
2	陈渊		12	36	3.0	5.0
3	谭泗桥		28	305	8.0	17.0
4	向妍		1	0	0.0	0.0