藜麦EST-SSR的开发及通用性分析

• 作者: 张体付 张晓林 戚维聪 李坦 赵涵 顾闽峰
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 藜麦 EST-SSR 分子标记 遗传关系 通用性
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种?种质资源?分子遗传学
• 页码范围: 492-500
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2016.00492

摘要

藜麦因营养均衡受到越来越多的关注,但尚未深入开展其基础研究。开发微卫星序列重复 SSR 分子标记将为藜麦的遗传分析提供重要资源。本研究利用NCBI数据库中藜麦RNA测序RNA-Seq及表达序列标签EST数据挖掘、验证及评价藜麦EST-SSR,共发现1862个藜麦非单核苷酸EST-SSR。其中,二核苷酸重复最多(38.3%),六核苷酸重复最少(11.7%)。不同重复类型SSR的数量随着核苷酸数目的增加呈下降趋势。在随机选取验证的119个EST-SSR标记中,66(55.9%)个能够扩增出清晰条带,39个在4份藜麦资源中具有多态性,且其多态性与重复序列长度不具有显著相关性。t测验显示,多态性EST-SSR在藜麦与其他藜科种质间不存在显著差异,说明其具有良好的通用性,可用于藜科物种的遗传关系分析。