日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测

• 作者: 张宇飞 李喜莲 李飞 杨元杰 贾永义 郭建林 顾志敏 黄鲜明
• 来源期刊: 东北农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 日本沼虾 单核苷酸多态性(SNP) 表达序列标签(EST)
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 67-73
• 页数: 7页
• 分类号: S154.1|S567.5+1
• 字数: 2981字
• 语种: 中文

摘要

利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径.本研究利用日本沼虾现有EST数据开发SNP标记—从NCBI获得8 458条EST序列;Seqclean软件去除序列中的载体、引物和接头等污染序列,得到8 453条EST序列;利用Quality SNP软件对预处理后序列中含有4条以上同源序列重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的1 055个重叠群中,筛选得到可靠SNP(Reliable SNPs)位点705个,较可信SNPs (High confidence SNPs)905个,潜在SNPs(Potential SNPs)1 144个.根据候选SNP位点设计28对引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,基因分型验证44个太湖个体,13对引物具有二等位基因多态性,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.259～0.745和0.255～0.728.结果表明,EST数据库中存在大量SNP位点,筛选的SNP标记可用于日本沼虾遗传学分析.