作物分子身份证构建软件ID analysis的编制

• 作者: 刘春燕 潘校成 胡国华 胡振帮 蒋洪蔚 辛大伟 陈庆山 高运来 齐照明
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 大豆 作物 SSR标记 分子身份证 软件开发
• 年，卷（期）: 2016,（12）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种?种质资源?分子遗传学
• 页码范围: 2255-2266
• 页数: 12页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.12.002

摘要

【目的】以作物品种或资源的SSR分子标记为基础数据，应用Visual Basic6.0开发作物分子身份证构建配套软件ID analysis，快速准确地筛选引物组合并高效鉴定品种。【方法】作物分子身份证理论由陈庆山提出，其原理是利用SSR标记在材料中的多态性特点，将多个标记进行排列组合，快速有效地区分品种资源的算法——逐步扩增法。通过对40份黑龙江省大豆品种的40对引物数据进行分子身份证构建，阐述该软件的详细操作过程。【结果】利用Visual Basic6.0编程软件设计人机交互界面，通过编程实现核心算法，开发ID analysis软件，软件集成全库构建、部分构建、ID判定、数据合并等功能。其中，全库构建是软件的核心功能，通过全库构建可以快速分析区分材料的最少标记；部分构建可以选择部分目标材料进行区分；ID判定可以在分子身份证数据库构建完成的前提下，对未知材料进行SSR分析，根据获得的分子身份证数据来确定材料是哪个品种或近似品种；数据合并功能可以将多次试验数据整合成一个数据集。利用软件全库构建功能对范例数据进行分析得到以下结果：①在40对引物对40个大豆品种的分子身份证构建中，共有13个引物由于缺失过多，不符合标准被剔除，剔除引物为：Sat_111、Sat_218、Satt231、Satt685、Satt514、Satt551、Satt077、Satt358、Satt424、Satt100、Satt838、Satt893和Satt891。②共有6个引物由于与其他引物相似系数过高，不符合标准被剔除，剔除引物为：Satt253、Satt192、Satt417、Sat_229、Satt127和Satt496。③在分析的40个品种中，共有5个品种具有7个特异等位基因，分别为引物Satt516在材料东农36中显示特异条带3；引物Satt253在材料东农36中显示特异条带1；引物Sat_229在材料嫩丰17中显示特异条带1；引物Satt192在材料东农42中显示特异条带3；引物Satt206在材料北丰19中显示特异条带1；引物Satt244在材料北丰19中显示特异条带4；引物Satt363在材料黑河14中显示特异条带1，因此，可以通过这些特异等位基因直接确定需要鉴定的品种。④仅需7对引物便可将40份大豆品种完全区分开，引物组合为：Satt398、Satt380、Satt453、Satt288、Satt244、Sat_092和Satt206。【结论】编制了用于作物分子身份证构建的软件ID analysis，软件界面友好、使用简便、高效、灵活。实现单个软件完成作物分子身份证的构建，达到了对资源品种鉴定的目的。随着技术的发展和毛细管电泳的应用，开发全自动分子身份证分析系统甚至开发基于分子身份证理论的快速资源鉴定仪将成为可能。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	齐照明	东北农业大学农学院	11	109	5.0	10.0
2	刘春燕		75	592	13.0	21.0
3	胡国华		57	630	14.0	23.0
4	蒋洪蔚		21	143	8.0	11.0
5	高运来	东北农业大学农学院	17	195	5.0	13.0
6	胡振帮	东北农业大学农学院	15	117	7.0	10.0
7	辛大伟	东北农业大学农学院	18	221	7.0	14.0