针对深空通信传播时延大、误码率高以及链路间歇性中断的问题,提出一种基于中继选择的深空文件传输协议。该协议将文件传输过程分为跳到跳发送和端到端重传2个阶段。在发送阶段,提出一种中继选择算法,通过分析天体运动规律选择合适的中继节点,并结合深空链路信道特点,分析链路丢包率和信道增益的关系,选择最优中继链路逐跳进行传输,降低丢包率进而减少重传次数;在重传阶段,目的端对数据包进行校验和检查,丢失的数据包通过端到端链路进行重传,保证文件的可靠传输。仿真结果表明,当端到端误码率大于10-5时,所提协议能有效减少重传次数,进而降低传输时延。在误码率为10-3时,与空间数据系统咨询委员会(consultative committee for space data systems,CCSDS)提出的文件传输协议(CCSDS file delivery protocol,CFDP)相比,该协议的传输时间缩短了40%,能较好地适应深空通信环境。