一种二倍体片段测序中 SNP 检测系统的构建

• 作者: 何明昊 李梅 林伟森 甘四明 邓继忠 金济 黄华盛
• 来源期刊: 华南农业大学学报
• 学科: 工学
• 关键词: 二倍体 测序 SNP检测 模式识别 尾叶桉
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 页码范围: 115-120
• 页数: 6页
• 分类号: TP391.4|Q523.8
• 字数: 3785字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7671/j.issn.1001-411X.2016.03.018

摘要

【目的】开发基于模式识别方法的二倍体片段测序中单核苷酸多态性（ Single nucleotide polymorphism ，SNP）自动检测系统，提高检测的准确性。【方法】采用LabWindows／CVI 9．0开发平台，结合Matlab函数库编程，以二倍体PCR片段测序的．ab1或．scf格式文件作为源数据，首先分离出碱基G、A、T和C，进行一维离散小波滤波，再对各碱基处的波形进行典型特征提取，最后运用基于反向传播神经网络的分类器完成SNP识别和判断。【结果】系统界面友好、运行稳定。 SNP等级分为6级，允许用户对可疑的SNP进行人工修正，对尾叶桉Eucalyptus urophylla的26个测序序列143个SNP的测试中检测准确率、假阳性率和假阴性率均明显优于之前的类似软件。【结论】本文所构建的SNP自动检测系统准确性高，不需参考序列，可用于二倍体PCR片段测序中SNP的高效检测。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李梅	中国林业科学研究院热带林业研究所	47	326	10.0	17.0
2	甘四明	中国林业科学研究院热带林业研究所	36	534	11.0	22.0
3	邓继忠	华南农业大学工程学院	43	308	8.0	15.0
4	金济	华南农业大学工程学院	9	84	3.0	9.0
5	黄华盛	华南农业大学工程学院	7	71	3.0	7.0
9	林伟森	华南农业大学工程学院	5	9	2.0	2.0
10	何明昊	华南农业大学工程学院	4	5	2.0	2.0