烟叶表面微生物类群两种检测方法的比较研究

• 作者: 刘玉配 李媛媛 龚俊
• 来源期刊: 华东师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 克隆文库 高通量测序 细菌 真菌 烟叶
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 92-101
• 页数: 10页
• 分类号: Q33
• 字数: 5871字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-5641.2016.03.011

摘要

为研究克隆文库法和高通量测序两种方法对烟叶表面微生物类群的检测效果,确定检测烟叶表面微生物多样性的最优方法,检测了基于细菌16S rDNA和真菌ITS区域的烤烟表面微生物类群的多样性.结果显示,高通量测序得到的序列数量比克隆文库法多,两种方法检测到细菌的OTU数目相近,但高通量检测的真菌OTU数目较多;稀疏曲线显示高通量测序的数据饱和度更高;预计的群落多样性(Chao1指数和Ace指数)克隆文库法均高于高通量测序法,实际的群落多样性(Simpson指数和Shannon指数)表明克隆文库法检测的细菌多样性略高,而高通量测序检测的真菌多样性略高;在检测到的细菌和真菌种类上,高通量测序略多于克隆文库法,两种方法检测的细菌优势类群基本一致,为假单胞菌属、不动杆菌属和鞘氨醇单胞菌属,但真菌类群相差较大,且高通量测序检测到大量新的真菌序列.总体上,高通量测序方法具有通量大、产出数据多的优势,可更全面、更准确地反映烟叶表面微生物群落结构.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李媛媛	华东师范大学生态与环境科学学院	14	377	7.0	14.0
3	龚俊	华东师范大学生态与环境科学学院	1	12	1.0	1.0
4	刘玉配	华东师范大学生态与环境科学学院	1	12	1.0	1.0