梁山慈竹高通量转录组测序及差异表达基因分析

• 作者: 徐刚 曹颖 王身昌 胡尚连
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 梁山慈竹 体细胞突变体 转录组 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 页码范围: 65-71
• 页数: 7页
• 分类号: Q78
• 字数: 5244字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2016.03.010

摘要

分析梁山慈竹及其体细胞突变体的转录组，挖掘功能基因并对其差异表达基因进行筛选和分析，为梁山慈竹遗传改良提供理论依据。利用 RNA-Seq 技术进行转录组测序，对测序结果进行 de novo 拼接和功能注释；并对差异表达基因进行筛选及 COG、GO、KEGG 数据库中进行比对注释，此外，基于 Swiss-Prot 功能注释结果，分析纤维素和木质素相关功能基因的表达量差异。测序结果表明，共获得86575631条 reads，de novo 组装得到84741条 unigenes，共有49829条被 Nr、COG、GO、KEGG、Swiss-Prot 注释。从梁山慈竹实生植株（对照）和体细胞突变体 No．30这2个测序样本中，筛选出3572条差异表达 unigenes，757条差异表达 unigenes 在 COG 分类体系中具有详细的蛋白功能释义，2213条差异表达 unigenes 在 GO 数据库具有功能定义，385条 unigenes 被注释到94条 KEGG Pathways 中。纤维素合成相关纤维素合酶、过氧化物酶、泛素连接酶和热休克蛋白在梁山慈竹体细胞突变体 No．30中表达量升高，木质素合成相关 MYB4、4-香豆酸 CoA 连接酶、肉桂醇脱氢酶、肉桂酰-CoA 还原酶和漆酶在突变体中表达量降低。提供了全面的梁山慈竹转录组信息，获得了一批在梁山慈竹纤维素和木质素生物合成过程中有重要功能的基因序列。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	胡尚连	西南科技大学植物细胞工程实验室	117	751	15.0	20.0
3	曹颖	西南科技大学植物细胞工程实验室	80	469	12.0	17.0
5	徐刚	西南科技大学植物细胞工程实验室	19	84	4.0	9.0
10	王身昌	西南科技大学植物细胞工程实验室	2	11	1.0	2.0