蛋白质二级结构预测概率图模型的改进

• 作者: 张屹 朱丽娟 王柯静 董小庆 赵凌琪
• 来源期刊: 河北科技大学学报
• 学科: 数学
• 关键词: 应用生物化学 概率图 蛋白质二级结构 HMM 下溢 参数优化
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 化学与化工
• 页码范围: 167-172
• 页数: 6页
• 分类号: O175.8
• 字数: 4955字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7535/hbkd.2016yx02009

摘要

蛋白质二级结构与蛋白质三级结构及蛋白质功能密切相关,是生物信息学研究的热点,其中概率图模型隐马尔可夫算法(HMM)是该领域研究的重要工具.但是在实际应用中,存在着HMM训练下溢、不同训练集的效果差异较大及参数优化困难等问题.对预测蛋白质二级结构时HMM遇到的训练下溢问题提出了改进方案;首次提出8-状态HMM来预测蛋白质二级结构,并且将参数B改进成为包含状态转移信息的三维参数;为了改进最优HMM模型的确定方法,用每个样本分别对初始HMM模型进行训练,得到一系列新的模型,然后对这些新模型的参数求均值,将求得的均值作为最优模型的参数.这些改进方法提高了HMM预测蛋白质二级结构的准确率,为HMM的进一步优化打下良好的基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵凌琪	内蒙古民族大学计算机科学与技术学院	20	41	4.0	5.0
2	张屹	内蒙古民族大学计算机科学与技术学院	7	13	2.0	3.0
4	朱丽娟	河北科技大学理学院	1	2	1.0	1.0
5	王柯静	河北科技大学理学院	1	2	1.0	1.0
6	董小庆	河北科技大学理学院	1	2	1.0	1.0