嗜水气单胞菌AH10(CCTCC AB2014155)的全基因组测序及比较分析

• 作者: 吕利群 张也 张国亮 王浩 许丹
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 嗜水气单胞菌 基因组测序 基因 比较分析
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 995-1005
• 页数: 11页
• 分类号: S941
• 字数: 6862字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2016.16037

摘要

为了解嗜水气单胞菌全基因组信息的结构和功能,对嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)AH10(CCTCC保藏号:AB2014155)进行了全基因组测序.将提取的AH10全基因组DNA进行片段化、构建文库后上机测序;将基因组组装后进行注释和比较分析.结果显示:AH10全基因组序列总长度为4.91 Mb,GC含量为61.1％,共预测到4570个基因,3351个基因具有明确的生物学功能.共找到2592个基因具有直系同源族(cluster of orthologous groups,COG)分类,1281个与代谢通路有关的基因,基因组岛31个.比较基因组学研究发现:AH10比对到SNP位点102481个,与Aeromonas hydrophila YL17基因结构共线性最好,与美国来源的嗜水气单胞菌标准菌株Aeromonas hydrophila ATCC 7966具有较近的亲缘关系,AH10的致病性与溶血素基因hly (hemolysin gene)、气溶素基因aer (aerolysin gene)、黏附素基因ahal (major adhesion gene)、丝氨酸蛋白酶基因ahp (serine protease gene)、细胞兴奋性肠毒素基因alt (cytotonic enterotoxin gene)密切相关.这些基因在嗜水气单胞菌中同源性较高.存在自体诱导物信号分子-2(autoinducer-2)与合成信号分子酶基因(signal molecule synthetase gene,ahy1)和转录调节蛋白基因(transcriptional regular gene,AhyR)群体感应(quorum sensing,QS)系统,不存在Ⅲ型分泌系统(type Ⅲ secretion system,TTSS).通过对AH10全基因组序列进行较为全面的注释和比较统计分析,为嗜水气单胞菌的分子生物学研究提供理论支持.