柑橘TCP家族生物信息学及表达谱分析

• 作者: 伊华林 周延培 张雅剑
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 柑橘 TCP转录因子 生物信息学 qRT-PCR
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 513-522
• 页数: 10页
• 分类号: S666.2
• 语种: 中文
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20150192

摘要

[目的]分析柑橘TCP蛋白家族成员的序列特征和系统进化关系,探究TCP家族成员在柑橘果实发育中的功能.[方法]通过生物信息学方法分析柑橘基因组中TCP家族成员的结构、染色体位置和系统进化关系.以‘兴锦101’(WT)及其晚熟芽变(MT)为试材,利用TA方法克隆柑橘TCP家族2个成员CsTCP1和CsTCP3,通过qRT-PCR测定TCP家族成员在‘兴锦101’及其晚熟芽变果实不同发育时期的相对表达量.[结果]克隆的2个基因CsTCP1和CsTCP3与原序列比对结果相似性达到100％;柑橘全基因组共编码20个TCP转录因子成员,分布在7条染色体上,都含有非典型的BHLH结构域,系统进化关系结果将Cs TCPs分为2个亚家族:Class Ⅰ和Class Ⅱ;多数基因结构简单,没有内含子;同时,定量结果表明CsTCP基因在不同组织中的相对表达量存在差异,且被聚为2类;此外,在‘兴锦101’及其晚熟芽变果实不同发育时期中同样差异表达,多数基因相对表达量在花后215d达到峰值,且在该时期2者间差异较显著.[结论]获得20个柑橘TCP家族成员基因,表达量分析显示TCP家族成员基因可能在柑橘的生长发育过程中起到重要的作用,为今后柑橘育种工作奠定了一定的理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	伊华林		65	1007	16.0	30.0
2	周延培		1	0	0.0	0.0
3	张雅剑		1	0	0.0	0.0