雷蒙德氏棉和亚洲棉TCP基因家族的生物信息学分析

• 作者: 姚金波 张永山 李燕 陈伟
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: TCP基因家族 雷蒙德氏棉 亚洲棉 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 434-442
• 页数: 9页
• 分类号: S562.03
• 字数: 3836字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11963/issn.1002-7807.201605002

摘要

TCP基因家族是植物中特有的一类转录因子家族,涉及了植物的多种生长途径以及各种生理生化反应的信号传导.为了更好地了解TCP基因家族在雷蒙德氏棉和亚洲棉基因组中的数量和分布情况等,通过生物信息学方法,在雷蒙德氏棉(D5)和亚洲棉(A2)全基因组中分别鉴定出37个TCP基因家族成员,并对TCP家族成员进行基因结构、染色体定位、保守域、进化关系等分析.结果表明,雷蒙德氏棉和亚洲棉全基因组分别编码37个TCP转录因子成员.雷蒙德氏棉30个成员基因分布在10条染色体上,亚洲棉37个成员基因分布在13条染色体上;内含子/外显子结构分析表明,TCP基因结构较为简单,大部分不含内含子;功能结构域分析,发现所有TCP转录因子具有高度保守的TCP结构域;根据结构域差异和系统发育分析的结果,将TCP基因家族分成2个亚族,进一步划分为PCF、CIN、CYC/TB1三个亚类.以上结果为进一步研究棉花TCP基因家族各成员的功能奠定一定的理论基础.