中国广东省18株柯萨奇病毒A6型分离株全基因组特征分析

• 作者: 刘冷 曾汉日 李晖 柯昌文 郑焕英 郭雪 陆靖 陈晓丽
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 手足口病 柯萨奇病毒A6型 全基因组
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 566-573
• 页数: 8页
• 分类号: R373.2
• 语种: 中文

摘要

为了解2013年广东省引起手足口病的CVA6全基因组特征,探索研究暴发流行期与非流行期CVA6毒株间的基因异同,本研究选取18株广东省CVA6毒株进行全基因组序列扩增及测序,采用DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot3.5.1等软件对获取全基因组序列进行遗传进化、比对及重组分析.序列比对显示,18株广东省CVA6毒株基因组长度在7 390～7 392bp之间,与原型株Gdula比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失.遗传进化分析显示,18株广东省CVA6毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5％～99.6％和97.5％～99.9％.2013年广东省CVA6流行期毒株在全基因组进化树中处于Ⅲ、Ⅳ两个分支,2011年非流行期毒株只存在于Ⅳ分支.基因重组分析显示,广东省GD870/2013株在P2和P3区存在基因重组现象,GD839/2013株未发现明显的重组来源.结果表明,2013年广东省引起手足口病的CVA6在暴发流行期存在Ⅲ、Ⅳ两条病毒传播链的共同流行,其中Ⅲ传播链在非结构蛋白编码区存在基因重组现象,与Ⅳ传播链相比具有较大基因差异,然而2011年CVA6非流行期间只存在Ⅳ病毒传播链.