自组装小肽RADA16-1的构象研究

• 作者: 刘金珂 赵丽娜 赵亚伟 赵宏康 邹常玲
• 来源期刊: 中国科学（化学）
• 关键词: 自组装小肽 RADA16-1 副本交换 分子动力学 构象稳定性
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 论文
• 页码范围: 707-713
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.1360/N032015-00175

摘要

研究自组装小肽RADA16-1的稳定构象具有一定挑战性,为了解决这个问题,分别利用经典分子动力学(MD)模拟方法和温度副本交换分子动力学(REMD)模拟方法进行对比研究.采用CHARMM力场参数,研究小肽RADA16-1在生理温度310 K左右的稳定构象.其中利用REMD完成26 ns时长水溶性小肽RADA16-1的模拟,利用MD完成3次160 ns时长小肽的模拟.之后,对比分析了RADA16-1小肽能量、氢键、回转半径(RGYR)和溶剂可及表面积(SASA)的变化特征.通过模拟结果的对比,发现REMD计算较MD计算能够使用更少的计算量搜索到相对明确的稳定构象信息,从而通过对能量、氢键、RGYR和SASA的结果分析,确定疏水作用和氢键相互作用共同稳定小肽的空间构象.