猪博卡病毒GD6株的全基因序列及生物信息学分析

• 作者: 佟铁铸 周宇 唐连飞 孟庆峰 朱中武 李春萍 罗卓军 谢辉 陈燕忠
• 来源期刊: 畜牧与兽医
• 学科: 农学
• 关键词: 猪博卡病毒 序列分析 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 兽医科技
• 页码范围: 85-89
• 页数: 5页
• 分类号: S852.65
• 字数: 3174字
• 语种: 中文

摘要

为了解猪博卡病毒(PBoV) GD6株的生物信息学特征,应用生物信息学在线分析程序和生物信息学软件分析GD6株遗传进化关系,分析并预测病毒蛋白的理化性质、可溶性、信号肽、跨膜区、亲(疏)水性、翻译后修饰位点、二级结构及抗原表位,通过SWISS-MODEL程序预测NS1、VP1的三维空间结构.结果表明:GD6株与有蹄类动物博卡细小病毒5(Ungulate bocaparvovirus 5)在一个大分支,亲缘关系较近;NP1蛋白的不稳定系数为58.72,属于不稳定蛋白类,NS1,VP1和VP2蛋白属于稳定蛋白;PBoV的4种蛋白均为可溶性蛋白;二级结构预测显示4种蛋白均以无规则卷曲为主要结构;结构域分析显示,NS1蛋白拥有细小病毒NS1所具有的功能结构域,与病毒的复制有关;NP1含有多个磷酸化位点;综合多种方法分析预测VP1/VP2存在多个抗原表位.