大豆MPBQ-MT基因的克隆与生物信息学分析

• 作者: 李文滨 李海燕 聂腾坤 赵琳
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 维生素E MPBQ-MT基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2016,（1）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 39-45
• 分类号: S565.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.11861/j.issn.1000-9841.2016.01.0039

摘要

以大豆品种合丰25和Bayfield为材料,克隆大豆2-甲基-6-植基-1,4-苯醌甲基转移酶(MPBQMTase)基因,获得1 029 bp的MPBQ-MT基因cDNA序列.通过序列比对发现10个大豆MPBQ-MT基因cDNA区内的潜在SNP位点.采用生物信息学方法分析MPBQ-MT基因编码的氨基酸序列和蛋白质结构.结果表明:MPBQ-MT基因CDS区共编码342个氨基酸,其中缬氨酸(Val)含量最多,占该基因编码氨基酸总数的8.8％;半胱氨酸(Cys)含量最少,占该基因编码氨基酸总数的1.2％;MPBQ-MT蛋白N端包含由58个氨基酸组成的叶绿体转运肽,为亲水性蛋白质.合丰25与Bayfield的MPBQ-MT蛋白质二级结构有所不同,2个品种的MPBQ-MT蛋白质中α-螺旋分别约占25.44％和27.49％,β-转角分别约占9.36％和9.06％,无规则卷曲分别约占40.35％和38.60％.2个品种的MPBQ-MT蛋白质中片层结构均约占24.85％.两个品种的MPBQ-MT蛋白质均有1个S-腺苷基甲硫氨酸结合位点.对MPBQ-MT蛋白三级结构进行预测,发现去掉转运肽后,MPBQ-MT蛋白质三级结构主要由11个连续的α-螺旋区域和8个连续的片层结构区域组成.结合MPBQ-MT蛋白三级结构对MPBQ-MT基因的生物学功能进一步分析,提出了较为合理的MPBQ-MT作用模型.由系统发生树可知MPBQ-MT蛋白在大豆与菜豆中的亲缘关系较近.