双须骨舌鱼转录组EST-SSR标记开发与引物筛选

• 作者: 刘奕 刘超 宋红梅 汪学杰 牟希东 王且鲁 罗建仁 胡隐昌
• 来源期刊: 淡水渔业
• 学科: 农学
• 关键词: 双须骨舌鱼( Osteoglossum bicirrhosum) 转录组 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 8-13
• 页数: 6页
• 分类号: S917.0
• 字数: 4042字
• 语种: 中文

摘要

利用MISA软件对双须骨舌鱼( Osteoglossum bicirrhosum)性腺转录组测序获得的188461条Unigene进行SSR检测,结果在11917个Unigene中共检测到SSR位点12578个,其中包含2个及以上SSR位点的Unigene有633个。 SSR的发生频率为6．32%,平均分布距离为9949 bp。在筛选到的SSR位点中,优势重复基序为二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸,其中二核苷酸重复基序数量最多,占总数的50．52%。重复基元类型共216种,其中数量最多的类型为二核苷酸重复AC/GT,占总数的20．66%。从所有筛选出的SSR位点中随机选取50个位点并运用Primer Premier 5．0设计引物,共有25对引物成功扩增出特异性产物,并且均在同科的美丽硬仆骨舌鱼( Scler-opages formosus)的三个亚种中通用。结果表明,转录组测序产生的EST序列是开发SSR标记的有效来源,开发所得EST-SSR引物可用于双须骨舌鱼及其近缘物种遗传分析、遗传图谱构建以及分子标记辅助育种等工作中。