半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis）Nramp基因克隆与表达分析及SNP筛选

• 作者: 张永珍 董忠典 邢贺飞 陈松林 高峰涛
• 来源期刊: 渔业科学进展
• 学科: 农学
• 关键词: 半滑舌鳎 天然抗性相关巨噬细胞蛋白(Nramp) 基因克隆 RT-PCR 单核苷酸多态性(SNP)
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 116-127
• 页数: 12页
• 分类号: S965
• 字数: 8063字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11758/yykxjz.20150311001

摘要

天然抗性相关巨噬细胞蛋白(Natural resistance-associated macrophage protein, Nramp)属于膜整合转运蛋白，具有抑制胞内寄生菌侵染、调节巨噬细胞的抗菌活性等作用。本研究对半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)Nramp基因进行了克隆和表达分析，并对其与抗鳗弧菌感染相关的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)位点进行了筛选。该基因cDNA序列全长3717 bp，其中开放阅读框(Open reading frame, ORF)1677 bp，所编码蛋白含有558个氨基酸，该蛋白具有Nramp家族的典型特征，包括10个跨膜区(Transmembrane, TM)、1个由20个氨基酸残基组成的胞质内转运蛋白特征结构域(Consensus Transport Motif, CTM)。半滑舌鳎Nramp的ORF末端有1个类似于脊椎动物Nramp2中的铁反应控制蛋白结合位点(Iron-responsive regulatory protein-binding site, IRE)。半滑舌鳎Nramp与其他14个物种的Nramp氨基酸序列同源性在63%?91%之间，系统进化分析表明，半滑舌鳎Nramp和所有鱼类Nramp聚集为一簇，与其他物种Nramp2的亲缘关系较近。实时荧光定量PCR分析显示，Nramp基因在半滑舌鳎脾脏和肾脏中的表达量最高，而在肌肉和性腺中的表达量最低；在哈维氏弧菌感染的半滑舌鳎肾脏、脾脏和肝脏中表达量呈升高趋势，而在鳃中则表现为下调趋势。利用直接测序法检测感染鳗弧菌后同一家系的233个个体(抗病个体165个，感病个体68个)，共检测到15个SNP位点，对其中3个SNP 位点即 SNP-g.3113(T→C)、SNP-g.3125(A→G)和 SNP-g.3164(A→T)进行测序分型后发现，SNP- g.3125(A→G)的等位基因(G)频率和基因型(GG)频率与半滑舌鳎抗鳗弧菌疾病呈极显著相关(P<0.01)。研究结果表明，Nramp 基因不同基因型对半滑舌鳎的抗病能力有着极其重要的影响，SNP-g.3125(A→G)可作为潜在的抗性遗传标记位点。本研究将为半滑舌鳎抗性品系培育提供技术支持。