海岛棉GbHCT基因克隆及生物信息学分析

• 作者: 于月华 倪志勇 加得拉·吐留汗 叶佳丽 崔雪 杨飓立 申丽婕 陈全家 陶顺
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 海岛棉 HCT 基因克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2016,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 80-86
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.04.010

摘要

克隆海岛棉木质素合成关键酶基因GbHCT全长cDNA序列，分析其在纤维不同发育时期的表达情况。根据海岛棉转录组数据中的HCT序列设计引物，采用RT-PCR技术克隆基因，通过生物信息学方法分析GbHCT的cDNA序列和氨基酸序列。通过分析转录组数据研究GbHCT在纤维不同发育时期的表达。从海岛棉中克隆了1个编码HCT的基因GbHCT，开放阅读框长度为1311 bp，编码436个氨基酸，蛋白质分子量为48.58 kD，等电点为6.03。GbHCT氨基酸序列中含有HTLGD和DFGWG 2个保守基序。GbHCT氨基酸与陆地棉、亚洲棉和雷蒙德氏棉HCT一致性较高，与其他植物中的HCT氨基酸的一致性为55.7%-60.7%。转录组数据分析发现GbHCT在纤维不同发育阶段都有表达，在5 DPA的纤维中表达量最高，表明该基因可能参与棉花纤维的发育。