基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析

• 作者: 吕平 张继 梁芳 檀小辉 韦丽君 黄惠芳 龙凌云
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 玫瑰 EST序列 SNP位点 生物信息学 NCBI
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 325-331
• 页数: 7页
• 分类号: S685.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j:issn.2095-1191.2016.03.325

摘要

[目的]发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础.[方法]从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的dbEST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析.[结果]对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点.从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8％和27.2％.通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性.[结论]NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韦丽君		17	127	6.0	10.0
2	吕平		15	119	6.0	10.0
3	黄惠芳		3	11	2.0	3.0
4	檀小辉		3	14	3.0	3.0
5	张继		2	9	2.0	2.0
6	龙凌云		3	10	2.0	3.0