尖孢镰刀菌基因组SSR位点分析

• 作者: 吕艺瑶 李新凤 王建明 王雪梅
• 来源期刊: 山西农业大学学报(自然科学版)
• 关键词: 尖孢镰刀菌 基因组 SSR
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 特约稿件
• 页码范围: 176-181
• 页数: 6页
• 分类号: S432.44|Q933
• 语种: 中文

摘要

为明确尖孢镰刀菌基因组中SSR位点的分布特点,本研究利用生物信息软件SSRIT对7条已公布的尖孢镰刀菌染色体基因组序列中的SSR位点进行了搜索,并用Excel软件对其进行统计分析.结果表明:基因组中7条染色体共有860个SSR位点,平均每条染色体出现122个SSR位点,大约每44.2 kb出现一个长度不小于18 bp的SSR位点.其中四、五核苷酸重复为主要重复类型,占全部SSR的比例分别为23.84％和32.56％;435种重复基元的分布情况存在差异,基元为ACAA/TTGT出现次数最多,为33次,其次为CAAA/TTTG,出现32次.说明尖孢镰刀菌基因组中含有丰富的SSR位点,为Genomic-SSR标记在尖孢镰刀菌鉴别中的应用奠定了理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李新凤	山西农业大学农学院	39	233	10.0	13.0
2	王建明	山西农业大学农学院	101	1111	19.0	29.0
3	王雪梅	山西农业大学农学院	2	4	1.0	2.0
4	吕艺瑶	山西农业大学农学院	2	3	1.0	1.0