芍药查尔酮异构酶基因（CHI）克隆、密码子偏好性分析以及蛋白结构功能预测

• 作者: 吴彦庆 王静 赵大球 陶俊
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 芍药 CHI 基因 密码子偏好性 蛋白结构与功能
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 页码范围: 71-80
• 页数: 10页
• 分类号: Q78|S682.03
• 字数: 6769字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.2016.02.013

摘要

为了丰富芍药 CHI 基因研究的基础数据，首先利用 RACE 技术对芍药 CHI 基因的 CDS 区进行克隆，并通过EMBOSS 软件分析序列的密码子偏好性，其次利用生物信息学软件和在线数据库对芍药 CHI 进行蛋白结构与功能预测。结果表明，克隆获得芍药 CHI 基因 cDNA 序列长度为898 bp（GenBank 序列号：JN119872），芍药 CHI 基因偏好使用以 A ／U 结尾的密码子，28种偏好密码子（RSCU ＞1），其中偏好性较强的有 UUG、UGU、CAU、AGA、AGG、CGG（RSCU≥2），在密码子的使用频率上，芍药 CHI 基因与酵母、大肠杆菌等模式生物基因组的差异均大于拟南芥基因组。芍药 CHI为非跨膜亲水的稳定蛋白，无信号肽，属于非分泌蛋白；主要分布在细胞质（45．0％）和微体（42．5％）中；无糖基化位点，14个磷酸化位点，其中第20位氨基酸处存在一个典型的磷酸激酶 PKC，含有1个异构酶 Chalcone 保守结构域；二级结构包括α螺旋（39％）、延伸链（20％）、β-转角结构（13％）和无规则卷曲（27％）；三级结构呈β-三明治折叠形成的倒置花束。发现了一个异构酶催化活性区域和一个重要的特异性蛋白质激酶 PKC 位点，为今后深入研究 CHI 基因功能提供有利的基础资料，此外，拟南芥真核表达更适合作为芍药 CHI 基因的外源表达系统。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赵大球	扬州大学园艺与植物保护学院	53	286	8.0	15.0
2	陶俊	扬州大学园艺与植物保护学院	106	1479	17.0	36.0
3	王静	扬州大学园艺与植物保护学院	46	255	10.0	15.0
4	吴彦庆	扬州大学园艺与植物保护学院	8	23	3.0	4.0