刺五加转录组和差异性表达分析

• 作者: 国红玉 宋菊 尤鹏升 李志栋 邢朝斌 龙月红
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 刺五加 转录组 表达分析 皂苷 代谢通路
• 年，卷（期）: 2016,（22）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 4049-4053
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2016.22.020

摘要

目的 获得刺五加Eleutherococcus senticosus转录组数据库和差异表达基因.方法 采用皂苷高含量组和低含量组2个样本作为受试材料,采用二代测序方法中的Illumina HiSeq 4000进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析.结果 共获得8.34 Gb数据,拼接得到77 087条Unigenes,与5个基因数据库进行比对,可归类于55个Geneontology (GO)分类中,涉及到116个KEGG标准代谢通路.通过差异性分析发现,差异性表达基因共530条,其中上调基因占42.08％,下调基因占57.92％,相差较大.进行GO和Pathway富集,得到408个GO注释和40个代谢通路.结论 对刺五加转录组进行拼接、组装和功能注释,得到大量转录本信息,为刺五加分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据库资源.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宋菊	华北理工大学生命科学学院	8	24	3.0	4.0
2	邢朝斌	华北理工大学生命科学学院	28	59	5.0	6.0
3	国红玉	华北理工大学生命科学学院	10	15	2.0	3.0
4	李志栋	华北理工大学生命科学学院	6	20	3.0	4.0
5	尤鹏升	华北理工大学生命科学学院	8	14	2.0	3.0
6	龙月红	华北理工大学生命科学学院	17	38	4.0	5.0