家蚕核型多角体病毒CQ1分离株与T3株的单核苷酸多态性分析

• 作者: 倪琪 周泽扬 张永华 李田 潘国庆 许金山
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 家蚕核型多角体病毒 CQ1分离株 T3株 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2016,（3）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 450-457
• 页数: 8页
• 分类号: Q936
• 语种: 中文
• DOI: 10.13441/j.cnki.cykx.2016.03.010

摘要

依据基因组中的单核苷酸多态性(SNPs)位点对不同来源家蚕核型多角体病毒(BmNPV)进行地理株系溯源,有利于BmNPV的分子流行病学研究以及对病害流行的预防性控制.采用霰弹法对BmNPV重庆分离株CQ1进行全基因组测序,获得了1052条reads序列,测序深度为3.5倍,覆盖基因组95％以上的区域.采用生物信息学方法,将这些序列与BmNPV日本分离株T3的基因组序列进行比对分析,在2个株系间共鉴定获得400个候选SNPs.与T3株基因组唯一位点匹配的386个SNPs中,有77％的SNPs属于转换,23％的SNPs属于颠换;15个SNPs位于基因间区,其余都分布在基因编码区;115个非同义SNPs(cSNPs)分布于67个基因的编码序列中,其中11个基因有至少3个非同义SNPs,例如CQ1分离株的非必需基因orf74有5个非同义SNPs.结构预测显示,CQ1分离株的几丁质酶基因中3个非同义SNPs引起变化的氨基酸位点均位于几丁质酶的三维结构表面.研究结果表明,BmNPV CQ1和BmNPV T3株系之间存在丰富的单核苷酸多态性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周泽扬		59	388	9.0	17.0
2	潘国庆		44	197	8.0	11.0
3	李田		26	114	6.0	10.0
4	许金山		1	0	0.0	0.0
5	张永华		1	0	0.0	0.0
6	倪琪		1	0	0.0	0.0