基于高通量测序的发芽苦荞转录组学研究

• 作者: 丁志刚 李琦 杜传来 郭元新 陈春旭
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 发芽苦荞 Illumina 转录组 高通量测序
• 年，卷（期）: 2016,（7）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 40-47
• 页数: 8页
• 字数: 5550字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2016.07.006

摘要

采用新一代高通量测序技术 Illumina SolexaHiseq 2500对发芽荞麦转录组进行测序，结合生物信息学方法开展基因表达谱研究和功能基因预测。通过测序，获得了42953962个序列读取片段（reads），包含了5.37 Gb 碱基序列信息。对 reads 进行序列组装，获得45278个单基因簇（unigenes），平均长度862 bp，序列信息达到了39 Mb。另外，从长度分布、GC 含量、表达水平等方面对 unigenes 进行评估，数据显示测序质量好，可信度高。数据库中的序列同源性比较表明，2127个 unigenes 与其他生物的己知基因具有不同程度的同源性。发芽苦荞转录组中的 unigenes 与细胞进程、细胞和蛋白结合相关。将 unigenes 与 KOG 数据库进行比对，根据其功能大致可分为24类。以 KEGG 数据库作为参考，依据代谢途径可将 unigenes 定位到328个代谢途径分支，包括核糖体代谢通路、碳水化合物代谢等，并且筛选出38条参与 GABA 合成的氧化磷酸化代谢的 unigenes。SSR 位点查找发现，从71366个 unigenes 中共找到7141个 SSR 位点。SSR 不同重复基序类型中，出现频率最高的为 A/T，其次是 AAG/CTT 和 AT/AT。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李琦		2	9	1.0	2.0