建鲤基因组中一个ty3-gypsy反转录转座子的发现与分析

• 作者: 丁炜东 曹丽萍 曹哲明 邴旭文
• 来源期刊: 中国水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 建鲤 反转录转座子 拷贝数 原位杂交
• 年，卷（期）: 2016,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 284-296
• 页数: 13页
• 分类号: S917
• 字数: 6828字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1118.2016.15147

摘要

转座子是动植物基因组的重要组成部分,在前期研究中发现建鲤(Cyprinus carpio var.jian)基因组中存在一个ty3-gypsy反转录转座子类型的转座子,并将其命名为JRE转座子(Jian carp Retrotransposon, JRE )。为了研究JRE反转录转座子在建鲤基因组中的功能,采用 PCR 扩增、荧光定量 PCR 和原位杂交等方法对 JRE 转座子的特性进行了研究。JRE反转录转座子全长5126 bp,具有5￠端470 bp和3￠端453 bp长末端重复片段(long terminal repeat end, LTR),中间的开放阅读框(ORF)包括核心蛋白基因(gag)和酶基因区域(pol),其长度为4203 bp。pol基因具有典型的ty3-gypsy 反转录转座子结构,基因顺序为 PR-RT-RH-IN 基因。对 pol 基因的同源分析表明,其与虾夷扇贝(Mizuh-opecten yessoensis)、栉孔扇贝(Azumapecten farreri)、大堡礁海绵(Xiphophorus maculates)和斑剑尾鱼(Xiphophorus maculates)pol基因相似性分别为40.7%、40.0%、32.8%和30.1%,因此JRE可能属于JULE反转录转座子家族。采用实时定量 PCR对 JRE 转座子在建鲤基因组内的拷贝数进行了测定,结果表明其拷贝数为124,同时对不同组织中的mRNA表达量的研究表明, JRE转座子在建鲤肝、肾、血、肌肉、性腺5种组织中均有表达,在肾和肝中表达量略高。染色体原位杂交结果表明, JRE转座子在建鲤的染色体上随机分布,没有明显的规律性。本研究表明, JRE转座子具有典型的反转录转座子结构,属于JULE转座子的分枝,在染色体上的分布不多,其转录活性并不是很高,对我们了解建鲤基因组构成和特点增加了知识储备,同时为利用转座子的活性进行转基因研究提供了一种新的途径和工具。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	丁炜东		33	330	10.0	17.0
3	曹丽萍		29	389	11.0	19.0
5	邴旭文		60	1242	18.0	34.0
7	曹哲明		23	427	9.0	20.0