水稻二化螟和三化螟基因组ddRADseq文库的构建

• 作者: 孙娜 方继朝 杨琼 罗光华 罗除成 郑敏
• 来源期刊: 环境昆虫学报
• 学科: 农学
• 关键词: 基因组DNA文库 ddRADseq 生物分析仪 水稻螟虫
• 年，卷（期）: 2016,（6）
• 所属期刊栏目: 水稻害虫专栏
• 页码范围: 1114-1120
• 页数: 7页
• 分类号: Q963|S433
• 字数: 5131字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-0858.2016.06.7

摘要

本文介绍了构建水稻二化螟和三化螟“双酶切限制性酶切位点关联DNA测序”( Double digest restriction-site associated DNA sequencing, ddRADseq)文库的方法。利用安捷伦2100生物分析仪对4种单酶切及2种双酶切的酶切产物片段大小及分布范围进行分析,筛选出MluC I和Nla III两种限制性内切酶组合对螟虫基因组DNA进行酶切。酶切后的DNA片段两端连接上特定的P1、 P2接头后,用Pippin Prep回收大小为285-435 bp的DNA片段。通过PCR扩增进行文库的富集并引入index序列。构建好的ddRADseq文库用琼脂糖凝胶电泳和生物分析仪进行质量检测。本方法所构建的文库DNA片段长度、分布和摩尔浓度能够达到Illumina平台测序的技术要求。本研究证实了利用MluC I和Nla III组合酶切构建水稻螟虫基因组ddRADseq文库的可行性,为在水稻螟虫中利用ddRADseq技术开展生物地理学、种群遗传学和系统发育重建等方面的研究奠定基础。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	方继朝	江苏省农业科学院植物保护研究所	80	747	15.0	22.0
2	罗光华	江苏省农业科学院植物保护研究所	9	13	2.0	2.0
3	杨琼	江苏省农业科学院植物保护研究所	9	27	3.0	4.0
4	孙娜	江苏省农业科学院植物保护研究所	2	1	1.0	1.0
8	郑敏	江苏省农业科学院植物保护研究所	1	0	0.0	0.0
9	罗除成	江苏省农业科学院植物保护研究所	1	0	0.0	0.0