脊尾白虾血细胞ESTs的生物信息学与微卫星序列特征分析

• 作者: 刘萍 张喆 李健 李吉涛 段亚飞
• 来源期刊: 水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 脊尾白虾 血细胞 EST 生物信息学 微卫星
• 年，卷（期）: 2016,（5）
• 所属期刊栏目: 研究与应用
• 页码范围: 562-567
• 页数: 6页
• 分类号: S917
• 字数: 3678字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16378/j.cnki.1003-1111.2016.05.018

摘要

对前期测序得到的脊尾白虾血细胞2853条ES T序列进行了生物信息学和微卫星序列特征分析。EST序列拼接得到1053条Unigenes ，包括329条Contigs和724条Singlets。BLAST 分析表明，593（56．3％）条Uingenes与数据库中已知基因具有相似性。KEGG代谢途径分析表明，181条 Uni‐genes映射到120条代谢途径。通过EST‐SSR分析，共得到416条微卫星序列，检出率为14．58％。其中，两碱基重复序列374条，占89．90％，A G重复类型最多；三碱基35条，占8．41％，A A T重复类型最多；四碱基7条，占1．68％，AAGT重复类型最多。本研究可为脊尾白虾功能基因资源挖掘及分子标记筛选提供有效数据。