基于高通量测序的慈竹笋转录组分析与基因功能注释

• 作者: 卢学琴 徐刚 曹颖 胡尚连 陈宇鹏 黄艳 龙治坚
• 来源期刊: 生物工程学报
• 关键词: 慈竹 转录组 高通量测序 功能注释
• 年，卷（期）: 2016,（11）
• 所属期刊栏目: 生物技术与方法
• 页码范围: 1610-1623
• 语种: 中文
• DOI: 10.13345/j.cjb.160095

摘要

慈竹是我国四川当地的优势丛生竹种之一,其纤维长度和质量较优异,是造纸、纺织等工业的良好原料.本文利用Illumina HiSeqTM 2000平台,对10,50、100和150 cm高的慈竹笋进行转录组分析,共得到69.28 M条读长(Reads),经从头拼接、组装和聚类后得到111 137条非重复序列基因Unigene,其中共有63 094条注释到COG、GO、KEGG、Swiss-Prot和Nr数据库中.这些Unigene不仅具有一般的功能,如转录和信号转导等,还涉及到蔗糖转运与代谢、次级代谢产物及细胞壁的生物合成等方面.不同高度慈竹笋的纤维素合成酶基因存在差异表达,发现了可能调控慈竹生长发育以及纤维素和木质素生物合成的相关基因,为慈竹品种改良提供一定的理论基础.